长江南京航道局下设25个航道管理处。其中7个全能航道管理处（九江航道管理处、安庆航道管理处、芜湖航道管理处、南京航道管理处、镇江航道管理处、扬中航道管理处、上海航道管理处），18个非全能航道管理处（太仓、海门、南通、常熟、张家港、江阴、泰州、二桥、大胜关、马鞍山、新港、铜陵、池州、太子矶、东流、彭泽、湖口、武穴）。4个机关直属单位（航道行政管理处及航道行政执法支队、离退休职工管理中心、机关事务服务中心、档案管理中心）。局机关设置 11个职能部门，即局长办公室、规划基建处、财务处、人事劳动处、航道处（航道测绘管理处）、设备处、安全保卫处（人民武装部）、科技信息处、党委办公室、纪检监察办公室、工会办公室。