长江南京航道局的前身为长江航道局南京航道分局。 1996 年 6 月 28 日 ，依据长江航道管理体制改革方案，长江航道局在宁开会宣布，南京航道分局实行疏养分管，单位一分为二，原南京航道分局更名为“长江南京航道局”，同时新成立“长江南京航道工程局”。 7 月 1 日 ，双方正式分开运作。 8 月 8 日 ，两局在南京金港大酒店同时举行揭牌仪式。